Za realizaciju operacije Neretva 93 ključno je bilo savjetovanje vojnog vrha RBiH, održanog 21. i 22. augusta 1993. godine u Zenici. Naređeno je zauzimanje sela Vrdi (koje je bilo ključno hrvatskoj odbrani Mostara), deblokada Donje i Gornje Drežnice, deblokada puta Jablanica – Mostar, kao i „rješavanje“ Prozora.
Ukratko, BiH vojni vrh je zaključio da je došlo vrijeme za izvođenje veće ofanzive koja bi obuhvatala područje od Bugojna do Mostara, a u koju bi bile uključene snage 3., 4. i 6. Korpusa.
Krajem augusta, vrh armije je dijelovima snaga spomenutih korpusa uputio pripremne naredbe za nadolazeću ofanzivu, u kojima su isticani ciljevi i pravci djelovanja.
U samim pripremama za Neretvu 93 dovučena su i pojačanja iz okruženog Sarajeva (1. Korpus), kako bi se ostvarila dodatna nadmoć prema HVO-u.
Iako Sefer Halilović navodi 12. septembar kao početak operacije, manji napadi ARBiH-a zabilježeni su već 6. septembra, posebno na položaje HVO-a u selu Vrdi.
U istom periodu, u mostarskoj općini snage ARBiH-a su počinile zločin u Grabovici. Masakr u Grabovici je bio ratni zločin počinjen protiv najmanje 13 hrvatskih stanovnika sela Grabovica od strane pripadnika 9. brigade Prvog korpusa Armije RBiH i neidentifikovanih pripadnika Armije RBiH na dane 8. ili 9. septembra 1993. godine.
MKSJ ( Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju) je zaključio da Tužilaštvo nije uspjelo dokazati izvan razumne sumnje da je preostalih 14 osoba navedenih u optužnici ubijeno od strane pripadnika Armije RBiH u Grabovici u vrijeme relevantno za slučaj. Pretresno vijeće je također konstatovalo da je tokom slučaja, šest navodnih žrtava navedenih u optužnici povučeno.
Sam tijek operacije Neretva 93, Sefer Halilović je opisao sljedećim riječima:
Dvanaesti septembar. Početak operacije: na glavnom napad u sve jedinice kreću na svim pravcima (…). Trinaestog septembra, nakon preduzetnih mjera, sve jedinice kreću na zadatak. Prozorski bataljon ulazi u selo Uzdol iz koga oko 11 sati biva potisnut zbog jakog protunapada snaga HVO-a. Tek nakon nekoliko dana, saznali smo da je Samostalni prozorski bataljon u selu Uzdol počinio neke nedozvoljene radnje (…) Ukupni rezultati operacije su impresivni. Po izvještaju UNPROFOR-a, bh. Armija je napredovala i oslobodila 450 kvadratnih km.
Ofanziva ARBiH je u svojoj prvoj dionici doživjela fijasko – odbačeni su napadi na Crnom vrhu, neke postrojbe se nisu odazvale na pokret.
Napad na mostarskom ratištu je kasnio, te je on započeo tek kasno uvečer 14. septembra. Tako da su se borbe vodile tokom noći, te nastavljale kroz sljedeći dan , a snage ARBiH su uspjele deblokirati Drežnicu, te odbaciti snage HVO-a sa tog područja. Do 16. septembra ARBiH je uspjela osvojiti i nova područja u općini Rama-Prozor.
Iako Sefer Halilović u svojoj knjizi bilježi da je operacija dala impresivne rezultate, njeng glavni cilj nije postignut
– deblokada Mostara. Snage ARBiH-a nisu uspjele poraziti snage HVO-a u Vrdi i na Humu, što je praktiĉki onemogućilo dalje vođenje operacije.
Prema navodima ARBiH, službeno je prekinuta 4. oktobra 1993. godine, no napadi ARBiH-a na mostarskom području su se i dalje nastavile kroz oktobar, posebno prema položajima HVO-a u Vrdima. Međutim snage HVO-a su se uspjele oduprijeti napadima ARBiH.
