Haški tribunal mu je 2. decembra 2003. godine izrekao kaznu od 27 godina zatvora, ali ta kazna je smanjena 8. marta 2006. na 20 godina zatvora.
Pretresno vijeće je pažljivo razmotrilo kajanje koje je pokazao Momir Nikolić i njegovo izvinjenje žrtvama, njihovim porodicama i bošnjačkom narodu za svoje učešće u zločinu progona. Pretresno vijeće podsjećalo je na razloge koje je Momir Nikolić naveo kao objašnjenje za svoje izjašnjavanje o krivici, kao i na razlog zbog kojeg je tužiocu dao netačne informacije tokom pregovora o izjašnjavanju o krivici.
Podsjećajući na činjenicu da se standard za olakšavajuće faktore zasniva na principu veće vjerovatnosti, Pretresno vijeće zaključuje da kajanje koje je pokazao Momir Nikolić predstavlja olakšavajući faktor, ali da tom faktoru ne može pripisati bitnu težinu.
Pored navednih, Pretresno vijeće je utvrdilo da postoje i sljedeći olakšavajući faktori: činjenica da prije rata Momir Nikolić nije bio sklon diskriminaciji i da je bio poštovani građanin u svojoj sredini; dolično ponašanje Momira Nikolića u pritvoru i lične prilike Momira Nikolića.
Momir Nikolić je prihvatio svoju odgovornost za krivična djela kojima je dao svoj doprinos počinjenju pomenutih zločina, piše slobodnabosna. Ponudio se da sarađuje sa tužiocem. Žrtvama je iskazao svoju grižnju savjesti.
Momir Nikolić je bio aktivni učesnik zločina koji su počinjeni u Potočarima, Bratuncu i Zvorniku. Nije pokušao izbjeći svoje zvanične dužnosti tokom tih sudbonosnih dana ni ostati po strani; prema vlastitom priznanju, imao je veoma aktivnu, čak proaktivnu, ulogu u nastojanju da se operacija izvrši i da, kako je sam rekao, bude “uspješna”.
Pretresno vijeće je razmatralo zločine počinjene u periodu od jula do novembra 1995. godine za koje je Momir Nikolić proglašen krivim, a koji su opisani u tački optužnice kojom se tereti za progon, kao i stepen i vid učešća Momira Nikolića u počinjenju tih zločina. Pretresno vijeće je svakom od otežavajućih i olakšavajućih faktora pripisalo odgovarajuću težinu.
Nikolić je 2015. godine u tajnosti pušten na slobodu iz pritvorske jedinice u Finskoj.
Video pogledajte i OVDJE.
